此外，在增值稅轉型的大背景下，實行“以票控稅”的管理模式，而一旦喪失索取發票的動因，將直接導致增值稅鏈條的斷裂。于是，用于來料加工的進項稅額不允許抵扣，一些經營管理不規范的中小型企業在物資采購時傾向于不要購貨發票，從而造成供應商偷逃稅款。
特殊監管區域升級難
引導企業向海關特殊監管區或保稅區集中，以便各種優惠政策的集中實施，是江蘇在推動加工貿易轉型升級的重要經驗之一。
不過，目前海關特殊監管區域存在類型多、政策規定不統一等，特別是特殊區域的政策預期與企業訴求不一定不同步，或者區內政策吸引力不夠。
臺灣電電工會的一位分析師告訴記者，以綜合保稅區為例，隨著區內外的政策落差逐步縮小，甚至某些方面還不如區外。
其進一步表示，“進料加工內銷成本高，不利于加工貿易向內外銷兩方轉型。進料加工，區外企業可選擇保稅后差額退稅，也可選擇進口料件征稅并抵扣，而區內企業要么保稅、出口不退稅，如要內銷，則按加工成品征進口關稅和增值稅。”
由于委外加工成本高，不利于加工貿易向內外企緊密協作轉型。在外需低迷、內需相對旺盛的背景下，區內企業因難以兼顧國內、外兩個市場，影響企業入區的積極性。
而為應對金融危機消化區內過剩產能，海關總署曾在蘇州進行委內加工試點，然而由于遲遲未出臺具體的監管措施和操作規范，致使該項業務目前沒有實質性進展。
此外，蘇州工業園區海關向本報提供的一份報告顯示，區內具備研發功能的企業設立研發中心缺乏比較優勢，因未指定配套政策，影響總部經濟的發展導向。一個表現是，區外研發機構采購國產設備全額退稅，而區內的同類采購其成本包含征退稅率差。
昆山是世界最大的筆記本電腦生產基地，具備設立全球檢測與維修中心的配套優勢，但記者在昆山海關采訪了解到，因對產品和備件的原產地限制，導致在區內建立全球維修中心成空談，甚至連出區內銷的產品也無法返區維修，使得“檢測和售后服務”功能難以實現。
本報記者獲悉，盡管目前蘇州工業園區海關在諸多方面嘗試，但受制于程序，往往只能“扛著風險單邊突破”。
為擴大內需，江蘇向海關總署建議，中國公民憑身份證每年準予在免稅區內自購一定金額的商品，以降低最終消費產品售價，扭轉身處“世界工廠”的中國消費者要付出比國外更高的價格來購買“中國制造”產品的現象。
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